O CESA está organizado em linhas de investigação que integram as actividades desenvolvidas pelos seus membros, quer individualmente, quer em programas colectivos de trabalho. Cada linha tem um investigador responsável, que assume, em articulação com a direcção do Centro, as funções de coordenação e gestão das actividades do grupo. A investigação desenvolvida engloba projectos de trabalho individuais, projectos financiados (Fundação para a Ciência e a Tecnologia, ou outras fontes), programas de cooperação nacional e internacional e programas realizados em articulação com o Mestrado em Desenvolvimento e Cooperação Internacional do ISEG (e, futuramente, com o Programa de Doutoramento em Estudos de Desenvolvimento).

Actualmente, a investigação desenvolvida no CEsA está integrada em duas grandes linhas: uma, de natureza mais global, intitulada Desenvolvimento, Globalização e Cooperação Internacional; e uma segunda, mais vocacionada para os estudos africanos, intitulada Estudos Africanos: História e Identidades Luso-Africanas Pós-Coloniais